Le origini della chiesa risalgono al culto di Santa Fara iniziato a Bari sin dal 1929 ed incrementato ad opera di privati. Il prof. Simeone Di Cagno mise a disposizione un terreno di sua proprietà sulla via di Bitritto, oggi via Bellomo, ove attualmente sorge la chiesa. Il 7 dicembre 1943 l’arcivescovo Mimmi erigeva la parrocchia che, dal 22 ottobre 1947, è curata dai Cappuccini di Puglia. La chiesa parrocchiale, di fatto, agisce da tempo come santuario e i fedeli vi affluiscono dalla città di Bari e dai dintorni. L’arcivescovo Mariano Magrassi volle, perciò, insignirla del titolo di santuario con decreto del 2 gennaio 1997.