La chiesa fu costruita intorno al 1615 dai Padri Minimi di San Francesco da Paola che vi si stabilirono dal 1616 al 1799. Il 10 maggio 1820, i Frati Predicatori, rientrati a Bari, ottennero dal re Ferdinando IV di Borbone la Chiesa di San Francesco da Paola e l’annesso convento. La chiesa, distrutta da un incendio nel 1846, fu ricostruita e riaperta al culto il 24 ottobre 1879, consacrata da mons. Lamberti, vescovo di Conversano. Eretta parrocchia, fu affidata pleno jure ai Domenicani col titolo attuale. I Domenicani lasciarono la parrocchia il 6 luglio 1982. L’arcivescovo Magrassi affidò al clero diocesano la cura pastorale nominando parroco mons. Antonio Talacci.