La parrocchia fu eretta nel 1949 da mons. Mimmi nella chiesa dei Carmelitani che la ressero dal 1583 al 1908. La chiesa, terminata nel 1668, fu dedicata nel 1742 alla Madonna del Carmine, patrona di Noja dal 31 agosto 1805. Nel 1758, chiesa e altare maggiore in legno furono consacrati dal mons. Venditti, vescovo di Polignano. Il suo campanile fu dimezzato nel 1910 da un fulmine. La chiesa, in cui vi sono tele del 1800 raffiguranti santi carmelitani, fu restaurata tra il 1936 e il 1943. Nel giugno 1980 il nuovo altare di marmo pregiato del 1600 fu benedetto da mons. Magrassi. Chiusa per restauri da settembre 1985 la chiesa, fu riaperta al culto il 7 aprile 1992 da mons. Cacucci, allora vescovo ausiliare di Bari-Bitonto.